Dengan andaian bahawa Funan merupakan sebuah negara kesatuan tunggal, para sarjana telah mengemukakan pelbagai hujah linguistik tentang lokasi "ibu kota" nya.
Satu teori berdasarkan kepada yang hubungan yang diandaikan antara perkataan "Funan" dengan perkataan bahasa Khmer "phnom" menempatkan ibu kota negara tersebut di sekitar Ba Phnom berhampiran dengan bandar "Banam" di wilayah Prey Veng dalam Kemboja moden.
Teori lain yang dikemukakan oleh George Coedès ialah ibu kota tersebut merupakan sebuah bandar yang dikenal pasti dalam prasasti Angkor sebagai Vyādhapura yang bermaksud Bandar Pemburu. Coedès meletakkan dasar teorinya pada petikan dalam sejarah China yang mengenal pasti ibu kota tersebut sebagai 特牧 Tèmù. Coedès mendakwa bahawa nama ini mewakili transkripsi daripada perkataan bahasa Khmer "dalmāk" yang diterjemahkan sebagai "pemburu." Walau bagaimanapun, teori ini telah ditolak oleh sarjana lain atas alasan bahawa "dalmāk" ini bermaksud "penjerat" dan bukannya "pemburu."
Malang sekali hanya kajian arkeologi terhad yang telah dijalankan di Funan di selatan Kemboja dan Cochinchina dalam beberapa dasawarsa yang lalu dan wilayah inilah yang dikatakan menempatkan ibu kota Funan. Walau bagaimanapun, tinjauan dan penggalian arkeologi telah dijalankan oleh pasukan gabungan Kemboja (Kementerian Kebudayaan dan Seni Halus; Universiti Diraja Seni Halus) dan antarabangsa di Angkor Borei sejak tahun 1994 dan berterusan hingga tahun 2000-an. Penyelidikan ini merangkumi penggalian dan pentarikhan pengebumian manusia di Wat Kamnou. Banyak ciri bata, tinggalan seni bina dan ciri landskap seperti timbunan, terusan dan takungan juga telah dikenal pasti.
Sebahagiannya telah ditakrifkan dengan spektrum hasil yang luas bermula dari akhir abad SM hingga zaman Angkor. Sistem terusan penting yang menghubungkan tapak Oc Eo juga telah dikaji dan ditakrifkan. Phon Kaseka mengetuai pasukan Akademi Diraja Kemboja dan Kementerian Kebudayaan dan Seni Halus (juga dengan kakitangan Universiti Diraja Seni Halus) menjalankan penggalian pengebumian Zaman Besi hingga Funan di Phnom Borei yang berdekatan. Ciri-ciri landskap yang besar, timbunan penempatan yang terkenal dan tapak lain yang mempamerkan budaya bahan dan corak penempatan Funan bermula dari sekurang-kurangnya di Phnom Chisor hingga Oc Eo dan banyak tapak di Vietnam. Ahli arkeologi Vietnam juga telah menjalankan banyak kajian di tapak Funan di wilayah Mekong bawah.
Kebanyakan timbunan menunjukkan bukti budaya bahan dan pengubahsuaian landskap termasuklah regim biologi spesis-gener bermula dari Zaman Logan hingga Zaman Pasca-Angkor dan kemudian seperti yang dibuktikan oleh tembikar China, Siam, Vietnam dan Champa abad ke-13 hingga ke-16 M. Bukti tersebut menunjukkan tempoh pembandaran selama 2000 tahun atau lebih lama lagi, aktiviti berterusan dan hubungan yang agak kuat walaupun tidak langsung dan berbilang nod dengan rantaian nilai jarak jauh. Walau bagaimanapun, agak jelas bahawa tempoh pengeluaran, penggunaan, aktiviti, tumpuan kepada perdagangan dan politik yang sengit serta berubah-ubah.
Zaman Funan nampaknya merupakan zaman kegemilangan dan Angkor Borei mungkin merupakan ibu kota utama Funan untuk sebahagian besar tempoh itu. Walau bagaimanapun, banyak penempatan tidak semestinya muncul entah dari mana-mana atau lenyap dengan cepat. Ia sememangnya terjalin dengan baik ke dalam rangkaian sosio ekonomi dan politik pra Funan, Funan, Chenla, Angkor dan pasca Angkor. Proses pembandaran dan rangkaiannya menunjukkan kesinambungan, evolusi dan jangka hayat yang ketara sebelum dan selepas skema pengelasan bersejarah yang tipikal abad pertama hingga abad keenam Masihi.
