Bermula pada zaman Gupta sekitar abad ke-3 hingga 575 masihi, satu gerakan baru mula berkembang. Ia mengambil asas daripada doktrin Mahayana yang sebelumnya serta idea-idea tantra baru dari seluruh benua kecil India.
Pergerakan ini dikenali dengan pelbagai nama seperti Vajrayana atau dalam bahasa Tibetnya Rdorjethegpa atau Mantrayana dan ajaran Buddha Esoterik atau Guhyamantra yang bermaksud Mantra Rahsia. Pergerakan baru ini berterusan hingga ke era Pala pada abad ke-8 hingga abad ke-12 masihi di mana ia berkembang sehingga mendominasi ajaran Buddha di India. Pergerakan ini kemungkinannya dipimpin oleh kumpulan yogi tantra yang mengembara yang dikenali juga sebagai mahasiddha. Mereka memperkembang amalan rohani tantra baru dan turut memperkenal teks baru yang dikenali sebagai Buddha Tantra.
Dari segi falsafah, pemikiran ajaran Buddha Vajrayana kekal berasaskan kepada idea-idea Mahayana seperti Madhyamaka, Yogacara dan ciri Buddha. Buddha Tantra secara umumnya berkaitan dengan bentuk samadhi dan upacara baru yang sering menggunakan gambaran dewata termasuklah baginda Buddha, bodhisattva, dakini dan dewa ugra atau dewa garang serta penglibatan mantra. Kebanyakan amalan ini bersifat esoterik maksudnya ia memerlukan diksha atau upacara kenaikan yang menjadi pengenalan kepada seorang guru tantra atau vajracarya atau guru rohani.
Pokok pangkal dan titik permulaan Vajrayana masih menjadi perdebatan dalam kalangan sarjana. Sesetengah sarjana seperti Alexis Sanderson berpendapat bahawa Vajrayana memperoleh kandungan tantranya daripada ajaran Saiva. Ia berkembang hasil sokongan istana diraja yang menyokong kedua-dua ajaran Buddha dan ajaran Saiva. Sanderson berhujah bahawa karya Vajrayana seperti teks Samvara dan Guhyasamaja menunjukkan cedokan langsung daripada kesusasteraan tantra Saiva. Walau bagaimanapun, sarjana lain seperti Ronald M. Davidson meragui idea berkenaan tantra di India berkembang terlebih dulu dalam ajaran Saiva sebelum dipetik oleh penganut ajaran Buddha. Davidson menekankan kesukaran dalam menetapkan kronologi bagi kesusasteraan tantra Saiva dan berhujah bahawa kedua-dua tradisi ini berkembang seiring, saling mempengaruhi antara satu sama lain serta bercampur juga dengan agama kepercayaan suku kaum tempatan di benua kecil India.
Namun begitu, bentuk tantra baru aliran Mahayana ini menjadi sangat berpengaruh di India khususnya di Kashmir dan wilayah dalam empayar Pala. Ia akhirnya tersebar ke utara di Asia Tengah, dataran tinggi Tibet dan Asia Timur. Pergerakan Vajrayana sebagai bentuk ajaran Buddha yang dominan di Tibet, kawasan sekitarnya seperti di Bhutan dan Mongolia. Unsur esoterik menjadi bahagian penting dalam ajaran Buddha di Asia Timur yang mana ia dikenali dalam pelbagai istilah. Contoh istilahnya seperti Zhēnyán (Cina: 真言, secara harfiah “kata benar”, merujuk kepada mantra), Mìjiào (密教; Ajaran Esoterik), Mìzōng (密宗; “Tradisi Esoterik”) atau Tángmì (唐密; “Esoterik Dinasti Tang”) dalam bahasa Cina, serta Shingon, Tomitsu, Mikkyo, dan Taimitsu dalam bahasa Jepun.
