Catitan awal mengenai puing runtuhan tamadun Indus didapati dari Charles Masson, seorang pakar mengenai padang pasir dari tentera East India Company (Company) atau Syarikat Hindia Timur Inggeris. Pada tahun 1829, Masson telah mengembara merentasi negeri Punjab, mengumpulkan maklumat berguna untuk Syarikat sebagai cagaran kepada janji menebusnya dari kesalahan.
Salah satu syarat bagi menebus kesalahan Masson itu adalah keperluan menyerahkan kepada Company sebarang artifak tinggalan sejarah yang didapati dari pengembaraannya. Masson yang gigih melengkapkan dirinya dengan pendidikan klasik, terutamanya dalam kempen ketenteraan Iskandar Agung, memilih untuk merayau-rayau di beberapa pekan yang pernah dilalui oleh tentera Iskandar Agung di mana tapak carigali sejarahnya telah pun dicatitkan oleh pengumpul hikayat pada ketika itu.
Penemuan carigali arkeologi terbesar Masson di Punjab adalah kota purba Harappa, sebuah ibu kota bagi tamadun Indus di cawangan sungai lembah Indus, iaitu Sungai Ravi. Masson mengumpulkan pelbagai catitan dan melukiskan ilustrasi artifak bersejarah Harappa yang kebanyakannya terkubur separuh di situ. Pada tahun 1842, Masson memasukkan pemerhatian beliau mengenai Harappa dalam buku yang berjudul Narrative of Various Journeys in Baluchistan, Afghanistan, and the Punjab. Beliau telah tersilap mentarikhkan puing runtuhan Harappa itu kepada lebih awal daripada kempen ketenteraan Iskandar di situ. Masson kagum dengan keluasan tapak tersebut dan mendapati terdapat longgokan timbunan tanah yang terbentuk disebabkan oleh hakisan yang lama.
Dua tahun kemudian, Company telah memberikan kontrak kepada Alexander Burnes untuk belayar ke Indus bagi meneliti kesesuaian perairan di situ untuk pelayaran tenteranya. Burnes berhenti di Harappa lalu menyedari bahawa bata bakar telah digunakan untuk membangunkan kubu kota purba di situ serta mendapati bahawa penduduk tempatan di situ menjarah batu bata di situ untuk kegunaan mereka.
Di sebalik laporan ini, Harappa telah dilanda dengan lebih teruk lagi selepas penaklukan Punjab oleh British antara tahun 1848 sehingga tahun 1849 disebabkan oleh batu batanya. Sejumlah bata telah diangkut keluar sebagai sokongan kepada landasan kereta api yang dibina di Punjab. Sekurang-kurangnya, landasan kereta api dari Multan ke Lahor sejauh 160 km (100 batu) yang dibina pada tahun 1850an disokong oleh batu bata dari tamadun Harappa.
Pada tahun 1861, tiga tahun selepas pembubaran Company dan penubuhan pemerintahan Crown di India, cari gali arkeologi di benua kecil India menjadi lebih tersusun dan rasmi dengan penubuhan Archeological Survey of India (ASI). Alexander Cunningham, Pengarah Besar Survey telah melawat tamadun Harappa pada tahun 1853 dan mendapati bahawa dinding bata kota masih kekal, melawatnya semula bagi menjalankan tinjauan dan seterusnya mendapati bahawa keseluruhan lapisan atas dinding bata tersebut telah dipecahkan di pertengahannya. Walaupun matlamat asalnya adalah untuk menampilkan bahawa kota Harappa sebagai satu kota Buddha yang hilang pada abad ketujuh masihi oleh Xuanzang, bhiksu pengembara dari benua China telah dibuktikan tidak sepadan, Cunningham tetap menerbitkan penemuannya pada tahun 1875. Buat pertama kalinya juga, Cunningham menafsirkan cap tera Harappa yang bertulisan misteri itu dan menyimpulkan bahawa ia adalah asing daripada India.
Kerja cari gali arkeologi di Harappa selepas itu menjadi berkurangan sehinggalah ke zaman Lord Curzon, wizurai India yang baru di mana beliau meminta supaya peruntukan akta Ancient Monuments Preservation Act 1904 di British India sehingga membawa kepada penubuhan ASI yang diketuai oleh John Marshall. Beberapa tahun kemudian, Hiranand Sastri, yang ditugaskan oleh Marshall untuk meninjau Harappa melaporkan bahawa tapak tersebut bukan tapak yang berkaitan dengan penganut Buddha sebaliknya adalah lebih purba daripada ajaran Buddha sendiri. Marshall selanjutnya mengarahkan Daya Ram Sahni untuk mencari gali dua timbunan batu dan tanah di tapak tersebut dan menggunakan Akta 1904 untuk mengesahkan pengeluaran bahan purba tersebut dari Harappa bagi ASI.
Jauh sedikit ke selatan, sepanjang saliran utama Sungai Indus di wilayah Sindh, terdapat satu lagi tapak purba iaitu Mohenjo-Daro yang menarik perhatian pemerintah British India. Marshall melantik pegawai ASI yang baru bagi menjalankan tinjauan di tapak purba tersebut. Mereka itu termasuklah D. R. Bhandarkar (1911), R. D. Banerji (1919, 1922 - 1923) dan M. S. Vats (1924). Pada tahun 1923, Baneriji dalam lawatan keduanya ke Mohenjo-Daro menulis kepada Marshall mengenai tapak tersebut mencadangkan bahawa tapak tersebut mempunyai asal dari zaman purba. Artifak purba di Mohenjo-Daro juga menunjukkan keselarian dengan artifak purba yang ditemui di Harappa.
Seterusnya, pada tahun 1923 Vats yang menulis kepada Marshall turut mencatitkan yang sama dengan Banerji tetapi mengkhususkan bahawa terdapat penemuan cap mohor dan tulisan purba di kedua-dua tapak yang dicari gali tersebut. Dengan pemberat dari kedua-dua pandangan dari Banerji dan Vats ini, maka Marshall mengarahkan data penting dari kedua-dua tapak itu dibawa ke satu lokasi serta menjemput Banerji dan Sahni untuk menyertai satu sesi perbincangan di situ. Menjelang tahun 1924, Marshall mula yakin mengenai kepentingan jumpaan purba tersebut dan pada 24 September 1924, telah membuat satu pembayang mengenai hebahan awam dalam Illustrated London News:
"Not often has it been given to archeologists, as it was given to Schliemann at Tiryns and Mycenae, or to Stein in the deserts of Turkestan, to light upon the remains of a long-forgotten civilisation. It looks, however, as if we were on the threshold of such a discovery in the plains of Indus."
Dalam keluaran yang seterusnya, seminggu kemudian, Archibald Sayce, seorang ahli ilmu Assyria dari Britain juga berjaya menunjukkan bahawa terdapat cap mohor yang sama ditemui dari Zaman Gangsa di Mesopotamia dan Iran. Hal ini memberikan indikasi awal mengenai tarikhnya, dan memberikan kepada pengesahan kepada ahli arkeologi lain yang seterusnya mengenai jumpaan purba mereka.
Cari gali purba secara tersusun bermula di Mohenjo-Daro pada tahun 1924-25 oleh K. N. Dikshit, seterusnya oleh H. Hargreaves (1925-1926), dan Ernest J. H. Mackay (1927-1931). Menjelang tahun 1931, kebanyakan dari tapak Mohenjo-Daro sudah pun dicari gali, namun pencarian kecil masih lagi berjalan dari semasa ke semasa, seperti yang diketuai oleh Mortimer Wheeler, Pengarah Besar ASI yang dilantik pada tahun 1944, dan termasuklah Ahmad Hasan Dani.
Selepas pemisahan India menjadi India dan Pakistan pada 1947, apabila kebanyakan tapak cari gali purba Tamadun Lembah Indus berada di dalam kawasan yang dianugerahkan kepada Pakistan, maka ASI mula mengurangkan kawasan kuasa cariannya hanya di kawasan milik India. Kebanyakan tinjauan ASI selepas itu hanya bertumpu di sepanjang sistem Ghaggar-Hakra di India. Setengah orang berpendapat bahawa sistem Ghaggar-Hakra mungkin mempunyai lebih banyak tapak lagi jika dibandingkan dengan lembangan sungai Indus. Menurut ahli arkeologi Ratnagar, kebanyakan tapak di Ghahhar-Hakra di India dan Lembah Indus di Pakistan sebenarnya melambangkan kebudayaan tempatan di rantau itu. Sesetengah tapak menunjukkan perkaitan dengan Tamadun Harappa namun beberapa sahaja yang betul-betul berkembang menjadi kota Harappa.
Sehingga tahun 1977, kira-kira 90% daripada cap mohor bertulisan bahasa Indus dan bahan berpahat ditemui di tapak di Pakistan sepanjang Sungai Indus, sementara di tapak lain pula membentuk sebanyak 10% daripada baki penemuan purba. Menjelang tahun 2002, sebanyak 1,000 kota Harappa dan penempatan manusia dari tamadun tersebut dilaporkan telah ditemui di mana sebanyak 100 sahaja dilaporkan telah dibongkar terutamanya di rantau utama Indus dan di sungai Ghaggar-Hakra serta cawangannya. Walau bagaimanapun, hanya lima sahaja tapak urban ditemui iaitu Harappa, Mohenjo-Daro, Dholavira, Ganeriwala dan Rakhigarhi. Sehingga tahun 2008 pula, kira-kira 616 tapak dilaporkan telah ditemui di sebelah India sementara sebanyak 406 tapak lagi dilaporkan ditemui di Pakistan.
